В общем помогло следующее.
Взял весь файл access.log засунул в эксель, фильтранул по POST на главную. Далее все хосты которые делали больше 30 запросов заблокировал через iptables и перезагрузил сервер.
iptables -I INPUT -s 0.0.0.0 -j DROP
Далее подключил CloudFlare систему, чтобы не делать это вручную. Помогло сайт заработал нагрузка упала.
Большое всем спасибо!
