1. У меня прекрасно пакует Py2Exe;
2. У меня прекрасно пакует на Windows, попробуйте запустить утилиту там
3. Питон, все таки, сложно защитить от копипаста. Но, эту задачу можно решить) Или вам что в конечном итоге нужно?
И да, конвертация в exe - это не шифрование)