Не совсем ясна конечная цель. Если вы хотите, чтобы в конце одного файла появился другой файл, то в Python нужно сделать так:
1. Прочитать файл 1, 2; (rb)
2. Посчитать длину файла 1: (_lenght_)
3. Записать файл 1 в файл 2 по смещению длины первого. (wb)
если надо вызвать из cmd прогу, то не забывайте python.exe proga.py. Или добавляйте python в переменные среды (Windows). В Linux по умолчанию работает.
