В главном файле который ты подключаешь ко всем остальным файлам, определяешь константу со своим адресом сайта, а затем везде заменяешь адреса на константу.
Почему константа а не переменная? Она выразительней смотрится и она видна в любой области видимости
разделить лучше на репозитории
например: "project-front-end" и "project-back-end"
можешь создать еще репозиторий просто с именем "project" и сделать два подмодуля на фронт и бэкенд
не знаю как на одиночном развертывание но при масштабирование будет достаточно удобно