Современное прикладное и веб программирование низового уровня - типичное рутинное ремесло. И как в любом ремесле самое ценное -опыт. В своей работе программист использует большое количество инструментов - ide, редакторы, дебагеры, сборщики, svn и т.д. Программисту нужны навыки чтения кода, юнит тестирования, использования актуальных фреймворков и api, знания протоколов, форматов хранения и передачи данных, конвенций оформления и документирования кода.
Получить опыт и развить навыки можно только одним путем - написание кода. Идеально участие в опенсорс проектах или что-то свое. Сначала будет говнокод - это факт. Clean code, по терминологии упоминаемого вами Мартина Р. , приходит с опытом работы в проектах, в постоянном сравнении и оптимизации того или иного кода, тех или иных практик.