Скорее всего у вас используется INSERT ON DUPLICATE KEY UPDATE или подобный механизм, который пытается вставить записи и спотыкается. Именно он и накручивает AUTO_INCREMENT.
Для решения нужно использовать транзакцию, в которой вначале проверяется существование дубликата, а затем производится манипуляция.
