Vadim Ivanenko

Решение:

using System.Linq;
using System.Reflection;
using AutoMapper;

namespace AgilityTracker.BLL.Extension
{
    public static class MappingExpressionExtension
    {
        /// <summary>
        /// Игнорирует свойства в Destination для которых нет соотвествия в Source
        /// </summary>
        public static IMappingExpression<TSource, TDest> IgnoreAllUnmapped<TSource, TDest>(this IMappingExpression<TSource, TDest> expression)
        {
            var destinationProperties = typeof(TDest).GetProperties().Select<PropertyInfo, string>(s => s.Name);
            var sourceProperties = typeof(TSource).GetProperties().Select<PropertyInfo, string>(s => s.Name);
            var difference = destinationProperties.Except(sourceProperties);
            difference.Each(item => expression.ForMember(item, o => o.Ignore()));
            return expression;
        }
    }
}

Использование:

using AgilityTracker.BLL.Extension;
...
Mapper.CreateMap<Story, DAL.Story>()
                .IgnoreAllUnmapped();

Стандартного метода, как я понял, в AutoMapper нету?