У меня PyCharm — частный случай IDEA, автодеплой работает следующим образом — обновленные файлы выгружаются на удаленный хост. Естественно профиль деплоя нужно связать с проектом в настройках.
Либо в ручном, контекстное меню на файле в дереве проекта слева.
