Лучше всего модальные окна реализовать через сервис.
Посмотрите готовые решения:
Под bootstrap
angular-ui.github.io/bootstrap/#/modal
Для более простых случаев я использовал вот это
https://github.com/btford/angular-modal с некоторыми усовершенствованиями.
В самом упрощенном варианте можно реализовать через директиву, которая просто будет вешать событие на элемент и вызывать ваш плагин попапов (если он у вас есть).
