если нужно сравнить все, кроме данных (структуру, _индексы_, ключи, отношения, констрейнты), можно сделать дамп только структуры, что-то типа pg_dump -sxO database_name (s — дампить только схему, x — не дампить привилегии, O — не дампить овнера), а дальше diff