При микросервисах насколько я это вижу: 1бд для всех таблиц, на каждую таблицу у вас - 1 репозиторий, 1 таблица, 1 модель в приложении описывающая эту таблицу, 1 ресурс. Разумеется все репозитории приватные.
Перед всем этим зоопарком из кучи сервисов, ставят api gateway.
Как вы будете связывать данные между этими таблицами - без понятия. Можете вручную это делать, вместо базы данных, можете вынести все модели в 1 репозиторий, а его устанавливать в необходимые сервисы.
Я думал что до микросервисов дожить надо, тогда и вопросов таких не будет, или чтобы кто то в команде имел опыт настройки этого зоопарка