Во-первых можно поставить bitcoind демон на свой сервер и обрабатывать транзакции прямо у себя на сервере. Минусы такого способа, что нужно держать весь блокчейн у себя на сервере, а плюсы очевидны, биткоины находятся только у вас и что с ними будет зависит только от вас и от ваших мер безопасности. Так же сторонние мерчанты берут комиссию за свои услуги, в случае с bitcoind вы избегаете этой неприятности.
Если же не хочется возиться с bitcoind или сервер не позволяет вместить всю цепочку блоков, то как вариант можете использовать
bitaps.com или API
blockchain.info