В общем решил следующим образом:
- используется некоторый базовый образ, с основными настройками окружения;
- на основе базового образа создаются два образа - dev и production. Отличие в том, что в production все данные хранятся внутри образа, в то время, как в dev образе используется внешняя директория с данными (ключ -v для run).
В production образе все манипуляции с данными происходят внутри образа, а для dev написал отдельный bash скрипт для загрузки и первичной настройки данных.