При созднии объекта Retrofit Вы добавили конвертер для десериализации приходящих данных (в данном случае Gson). Этот конвертер реализуется через GsonConverterFactory.
.addConverterFactory(GsonConverterFactory.create())
В интерфейсе API Вы указали тип приходящих данных, завёрнутый в объект вызова Retrofit (Call):
Call<List<MyModel>> getData();
В итоге в метод onResponse() придёт List уже распарсенных данных (MyModel). Именно конвертер, который вы указали (Gson), по приходу данных десереализовал их в объекты того типа, которого Вы указали в интерфейсе API.