Дополню ответ выше, откуда взялись изменения. На скрине видно, что для деплоя запускается отдельный скрипт, который выполняет
cd ...папка... && git pull && npm install && ...
т.е. переходи в какую-то папку на сервере, стягивает изменения из гита, запускает установку npm-пакетов и что-то собирает. Так вот - выполнение команды npm install может переписывать файл package-lock.json (который у вас на скрине как раз и помечен изменённым). Чтобы NPM ставил всё чётко по lock-файлу - надо использовать команду npm ci,
https://docs.npmjs.com/cli/v6/commands/npm-ci
Далее, чтобы пофиксить текущую ситуацию, наиболее простым вариантом мне видится: 1. зайти на сервер руками и откатить изменения в этом файле. 2. поменять команду в .gitlab-ci.yml
Если доступа на сервер нет - то можно попросить того, у кого он есть.
Если с этим проблемы - можно модифицировать команду деплоя, добавив в неё сброс стейта репозитория например через git reset --hard (будте аккуратны с этой командой!) перед выполнением git pull.
