Возможно стоит указывать полный путь для сохранения.
Я обычно создаю Алиасы для хранения файлов
'@picture' => '/uploaded/',
'@upload' => '@app/web/uploaded/',
Первый алиас для обращения к файлу через Web, а второй для сохранения файла т.к. это полный путь.
Вот так выглядит сохранение файла
$file = UploadedFile::getInstance($this, $code);
$filePath = time() . '_' . $file->baseName . '.' . $file->extension;
$file->saveAs('@upload/' . $filePath);