Скорее всего дело не в джойнах, а в фильтрации и сортировке.
Для оптимизации запроса попробуйте временно убрать сортировку и массив $arSelect и глянуть, есть ли изменения.
Так же стоит выяснить наличие индексов в MySQL.
В админ панели битрикса есть страница с информацией об индексах.
Еще можно попробовать вынести данные инфоблока в отдельную таблицу (такая возможность есть в настройках инфоблока) и уже в новой таблице с инфоблоком глянуть индексы и если их там нет то создать самостоятельно.