1) В файле .htaccess подпапки прописываете RewriteBase /subfolder_name, в результате родной файл должен выглядеть следующим образом (если вы изначально его не меняли):
# For full documentation and other suggested options, please see
# svn.modxcms.com/docs/display/MODx096/Friendly+URL+Solutions
# including for unexpected logouts in multi-server/cloud environments
# and especially for the first three commented out rules
#php_flag register_globals Off
#AddDefaultCharset utf-8
#php_value date.timezone Europe/Moscow
Options +FollowSymlinks
RewriteEngine On
RewriteBase /
# Fix Apache internal dummy connections from breaking [(site_url)] cache
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} ^.*internal\ dummy\ connection.*$ [NC]
RewriteRule .* — [F,L]
# Rewrite domain.com -> www.domain.com — used with SEO Strict URLs plugin
#RewriteCond %{HTTP_HOST}.
#RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.example\.com [NC]
#RewriteRule (.*) www.example.com/$1 [R=301,L]
# Exclude /assets and /manager directories and images from rewrite rules
RewriteRule ^(manager|assets)/*$ — [L]
RewriteRule \.(jpg|jpeg|png|gif|ico)$ — [L]
# For Friendly URLs
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?q=$1 [L,QSA]
# Reduce server overhead by enabling output compression if supported.
#php_flag zlib.output_compression On
#php_value zlib.output_compression_level 5
2) В панели управления Инструменты — Конфигурация — Дружественные URL включаете пункт Использовать дружественные URL и настраиваете по своему вкусу.
