много всего интересного, но не увидел тип движков таблиц.
возможно где-то есть таблица MyISAM которая блокируется, а еще в первой строчке key-buffer-size = 32M написан неправильно, он как раз влияет на скорость работы MyISAM таблиц, при такой конфигурации можно 1G поставить
key_buffer_size = 1G
myisam_sort_buffer_size = 128M
myisam_max_sort_file_size = 10G
myisam_max_extra_sort_file_size = 10G
