Вот тут особенности запуска приложения на PHP:
https://developers.google.com/appengine/docs/php/
А вот тут работа с файлами:
https://developers.google.com/appengine/docs/php/g...
Если используете вместе с MySQL то это будет обычное PHP приложение которое можно перенести на обычный хостинг после небольших доработок.
А так как для PHP по сравнению с Python сильно ограничен выбор сервисов GAE которые можно использовать в приложении, то проблема с переносом становится еще меньше.
Т.е. по сути делая приложение на PHP вы просто используете автоматическое масштабирование виртуальных серверов и балансировщик нагрузки.
Подводные камни могут попадаться при работе с Datastore (которого в PHP нет) и другими сервисами GAE типа Search.