Никита Сизов

Простой путь - извернуться и вернуть букву диска на место, как она была. В большинстве случаев это возможно.
Если нельзя, то нужно идти сложным путем - брать документацию к каждой программе и разбираться, как поменять пути в каждом конкретном случае.
Можно, конечно, поменять пути через поиск в реестре и текстовых конфигурационных файлах, но велика вероятность где-нибудь накосячить.

Для отдельных приложений это будет сделать затруднительно.
Маршрутизация работает на сетевом (3) уровне OSI, а не на прикладном (7).
Но обычно эта проблема решается так:

• в клиенте OpenVPN уберите создание шлюза по умолчанию через удаленную сеть
  
• через route add настройте маршрутизацию на те хосты/подсети в удаленной сети, которые нужны вашим приложениям.