Ну а почему бы не дать тестовому приложению доступ к БД? Mock не даст возможности тестировать взаимодействие с базой.
Возможное решение Вашего вопроса будет следующее:
1. Doctrine Fixtures
2. Отдельная БД и файл конфигурации для тестового окружения
3. Во время запуска тестов начинать транзакцию во время завершения откатывать ее.
...
Profit :)