У меня точно такая же проблема с йотой: тариф максимальный, по спидтесту скорость 20 мбит/с, но даже обычный apt-get update может выполняться полчаса. И такая же ситуация не только с репозиториями, но и с загрузкой торрентов, steam (даже веб сайт).
Тех поддержка йоты отвечает на все отписками и не признают, что нарушают сетевой нейтралитет и шейпят определенные ресурсы.
Единственное решение - использовать VPN. При подключении через VPN все начинает работать на макс. скорости.
