В общем ответ оказался для нас слегка неожиданным, и суть заключалась в специфике работы XFS. Оказалось, что на диске по мере роста файла преаллоцируется пространство, что и объясняет скачкообразный рост показателей в команде du, не коррелирующий с динамикой трафика. Ниже ссылки для интересующихся, а также скрин графика из Zabbix, на котором мы решили отдельно мониторить файл логов (выводы du и stat). И как мы видим - du растёт ступенчато, а stat по динамике соответствует трафику:
git.kernel.org/cgit/linux/kernel/git/torvalds/linu...
serverfault.com/questions/406069/why-are-my-xfs-fi...