Тут нужно понять такую идею, что ресурс - это неотъемлимая часть программы, которая должна существовать для ее нормальной работы и именно поэтому помещается в resources и существует внутри одного jar-файла. Если эти файлы убрать из jar, то они перестают быть "ресурсами", а становятся обычными файлами в файловой системе и работать с ними нужно соответственно - через пакеты java.io/java.nio условно