shurph

Если вы запускаете скрипт через cron, то он выполняется в cli режиме. А в cli режиме у php нет лимитов на время выполнения скрипта.

Если же ваш скрипт при запуске из крона падает, то, скорее всего, он превышается какие-то другие лимиты (скорее всего, потребляет больше памяти, чем разрешено).

Если проблема с памятью, то можно увеличить лимиты, как советует @merryjane, или же поискать и оптимизировать места, где у вас идут утечки памяти.

UPD: но вы, всё же, можете сделать поэтапное выполнение скрипта: сгенерировать дополнительным скриптом подзадачи, положить эти задачи в какую-нибудь БД, а потом запускать ваш основной скрипт несколько раз, а он уже будет брать задачи из такой вот кустарной очереди. Ну или можно использовать какие-нибудь готовые менеджеры очередей :)

По первому вопросу: разве в 2014 году является проблемой выделить для рабочего инструмента 2 гигабайта?

По второму: старайтесь выключать виртуалку через vagrant halt. Похоже, после неудачного выключения виртуалка у вас зависает на экране grub'а.

3: Наверное, это можно сделать вот так:

config.vm.synced_folder "./", "/vagrant", disabled: true

но я не понимаю - зачем?

4: попробуйте воспользоваться опцией:
xdebug.remote_host = 10.0.2.2

Как вы собираетесь с markdown решать такие задачи, как расположение изображений на странице; сносок; написание формул; правильная нумерация формул, изображений, вставок кода; подсчёт этих формул, изображений, вставок кода; оформление титульного листа; работа с библиографией; соответствие оформления ГОСТам и другим стандартам, в конце концов?

Фактически, выбирая markdown, вы нагружаете себя дополнительной работой по решению всех вышеперечисленных проблем, в то время как большая их часть уже давно решена теми, кто использует LaTeX.

В конце концов, если в вашем дипломе предполагается очень простое форматирование, то можно попробовать писать основной текст в markdown, а потом конвертировать его в LaTeX, но грабли всё равно будут.

Так что, лучше потратить 2-3 вечера на знакомство с полезным инструментом :)