Alex

case 'tinyint':
            case 'smallint':
            case 'mediumint':
            case 'int':
            case 'integer':
            case 'bigint':
            case 'year':
                $length = null;
                break;

Может есть способ указать каким-то обходным путём, я такого не знаю, но я их орм-кой как бы и не пользуюсь :)

Вероятно, нужно какое-то hidden поле в InvoiceLineType, которое будет содержать id счета

Ну если на сайте всё нормально, то в чём проблема, при чем тут Doctrine2?
Смотрите настройки phpMyAdmin, почему он не в utf8 отдает

Можно в контроллере (плохо), в сервисе (чуть лучше), в entity (как в yii), в твиге (хорошо)