Проблема решилась. По выдаваемой ошибке при исполнении скрипта нагуглил вот такую страницу.
После чего пересобрал питон 3.3 (в сабже писал как это делал) и всё заработало
Лучше всего, конечно, модульность, как уже советовали.
Можно ещё рассмотреть вариант обфускации кода и передаче его всего обфусцированного. Редкая птица захочет восстанавливать его функциональность
Зачем Вам FTP? Мало того, что это небезопасно (гонять в трафике в открытом виде логин и пасс). Вы можете воспользоваться безопасной альтернативой, которую Вам предоставляет SSH. А именно: SFTP
