Виктор Таран

это совершенно нормальное явление, в некоторых админках таки выбор версий с 5 по 7
С технической точки зрения это совершенно естественно.
Что именно вас не устраивает.
Какая веб морда ?
Где хостинг?
Смотрели в настройках сайта ( веб админка)?

<VirtualHost 127.0.0.1:80>
        ServerName  test.ru
        ServerAlias www.test.ru
        ServerAdmin test@bk.ru
        DocumentRoot  /var/www/test.ru/httpd
        ErrorLog logs/test_ru_error_log
        LogLevel warn
        CustomLog logs/test_ru_assest_log combined

       <Directory /var/www/test.ru/httpd>
                Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
                AllowOverride All
                DirectoryIndex index.php index.html index.htm
                Order allow,deny
                allow from all
       </Directory>
</VirtualHost>


<VirtualHost 127.0.0.1:80>
        ServerName  forum.test.ru
        ServerAlias www.forum.test.ru
        ServerAdmin test@bk.ru
        DocumentRoot  /var/www/forum.test.ru/httpd
        ErrorLog logs/forum_test_ru_error_log
        LogLevel warn
        CustomLog logs/forum_test_ru_assest_log combined

       <Directory /var/www/forum.test.ru/httpd>
                Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
                AllowOverride All
                DirectoryIndex index.php index.html index.htm
                Order allow,deny
                allow from all
       </Directory>
</VirtualHost>

<VirtualHost 127.0.0.1:80>
        ServerName  media.test.ru
        ServerAlias www.media.test.ru
        ServerAdmin test@bk.ru
        DocumentRoot  /var/www/media.test.ru/httpd
        ErrorLog logs/media_test_ru_error_log
        LogLevel warn
        CustomLog logs/media_test_ru_assest_log combined

       <Directory /var/www/media.test.ru/httpd>
                Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
                AllowOverride All
                DirectoryIndex index.php index.html index.htm
                Order allow,deny
                allow from all
       </Directory>
</VirtualHost>

1. че грузит i-o
iotop -oka
как правило тут уже и будет твой ответ.
2. htop - че по загрузки проца.
3. че по загрузки памяти.
4. mytop - или графики в phpmyadmin - они там есть.
Смоири на висящие транзакции, если они есть то это бд уже тормозит.

5. Запусти html -посомтри скорость построения дом модельи
6. запусти php скрипт, скорость дом модели
7. инициализируй ядро , скорость
8. футер+ хедер +ядро , скорость
9. подключи каталог сравни.
В 99% случаях этого хватает.

ps. надеюсь предкеш php у тебя включен, какой движок

все просто
https://donatstudios.com/RewriteRule_Generator

chown - тебе в помощь

делай бэкап ецетры по крону каждый день, за год у тебя накопится около 1гб
это жалкие копейки зато такой фигни не будет.

# 301 --- http://www.test.com/faq.html?faq=13&layout=bob => http://www.test2.com/faqs.html
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.test\.com$
RewriteCond %{QUERY_STRING} (^|&)faq=13($|&)
RewriteCond %{QUERY_STRING} (^|&)layout=bob($|&)
RewriteRule ^faq\.html$ http://www.test2.com/faqs.html? [L,R=301]

# 301 --- text/faq.html?faq=20 => helpdesk/kb.php
RewriteCond %{QUERY_STRING} (^|&)faq=20($|&)
RewriteRule ^text/faq\.html$ /helpdesk/kb.php? [L,R=301]

/bitrix/admin/site_checker.php?lang=ru
че говорит ?

переводишь сайт
создаешь одностраничник в чем трабла то ?

Создаешь второй сайт переносишь туда папку.
На старом ложешь 1 файл.

/?- в конце

RewriteCond %{REQUEST_URI} =!/order/

давай весь .htaccess

это лучше сделать в nginx

действительно что у тебя сломается если ты поменяешь запятую на любой символ не так уж у тебя и критична эта проблемма, да и вариантов решения ее милион.

Тут все просто
1. ДОбавить исключение ты уже умеешь это ! в RewriteCond
так что добавь еще один конд

конд
конд
конд
конд
что делать

Теперь про отрезать
как я понял ты регулярки немного знаешь так что понимаешь что такое $1$2 и и тд - если нет эт овсе что в скобках, какие скобки по очереди тот и бакс.
Но это сработает на руле, а условия тебе нужны в конде
ТАк вот Баксы с конда выгледят вот так %1 %2
В таком случае.

RewriteCond %{REQUEST_URI}  (скобка первая) ляляля ( скобка вторая)
RewriteRule .* %1%2

Соответственно получешь редирект на то что в скобках минуя ляляля. Но и это еще не все
У тебя ошибка в редиректе НА гет он тупо не сработает
экранируй все ? в - куда
иначе они просто не появятся.

Если не достаточно то вот пара примеров
klondike-studio.ru/blog/snipet-for-htaccess

У тебя ошибка, гет запрос не является частью урла
Тебе нужна двухуровневая конструкция с реврайт конд.
Короче вот
https://donatstudios.com/RewriteRule_Generator
Не забывай пометить ответ решеным ;)