Была та же фигня с проектом на PHP и SVN. Я делал так. Сначала вытаскивал проект из SVN внешними средствами (не через Eclipse). Потом в Eclipse создавал новый PHP проект и в качестве папки указывал уже существующую папку с вытянутым из SVN проектом. По-моему после этого потребовался перезапуск Eclipse, чтобы он понял, что проект находится под SVN, и тогда все заработало. И автодополнения и пункты меню для контроля версий. Попробуйте.
