serso

На самом деле разница небольшая.
Скажу лишь о плюсах базы:
1. Файлы хранящиеся в базе не подвержены заражению вирусами
2. Полный программный контроль над файлами (отдача файлов по привилегии и т.д.)
3. (Oracle) Полнотекстовый поиск (например, в xml)