Ограничение по кол-ву запросов с одного IP + капча.
Первое защитит от простых случаев, второе от случаев, когда злоумышленник использует прокси.
Можно сделать сложнее - активировать капчу, если поток запросов SMS по всей системе возрос. Например, всё время средний поток запросов 10 в минуту а тут скакнул до 100 - включаем всем капчу.
Ну и капча не является 100% защитой - на antigate.com их разгадывают по 1$ за 1000 штук. Но сама необходимость работать с антигейтом существенно усложняет бота.
P.S.: я сам защиту строить не пробовал, но ботов часто пишу.