sergeyvolobuev

конкретно так я не делал и не задумывался.
Я просто собирал свой пакет из исходников и устанавливал его в систему. Управление так же оставалось через пакетный менеджер.

вот тут хорошо описаны приоритеты локейшенов.

Subversion. Автоматическое обновление проекта при помощи хуков — тут подробно рассказано о такой схеме.