Держите всё в одном репозитории. Для каждой версии API своя долгоиграющая ветка.
Изменения между версиями легко перекидывать через cherry-pick, например.
Зачем усложнять себе жизнь ручным копированием изменений, когда есть Git?
Ну а разные рабочие ветки с разными API распаковываете каждую в свою рабочую папку если хочется.
Git поддерживает множественные worktree.
Либо в каждой папке свой собственный репозиторий и cherry-pick используем для обмена коммитами между версиями. Вообще никаких проблем нет, главное связи настроить. Git — распределённая система.
