Если контейнер содержит в себе веб-сервер, бд
Во-первых, неправильно пихать и web-сервер, и БД в один контейнер. Во-вторых, вообще
не стоит пихать БД в контейнер.
Насколько вообще оправдано использование докера например при написании веб-приложения на python?
На мой взгляд только тогда, когда предполагается эксплуатация этого приложения в автоматически масштабируемом окружении с десятками узлов. Если у вас одна VPS'ка, то контейнеры - это оверкилл. А для остального у Python есть свои средства виртуализации, которых вполне достаточно.