serg_a

не в корне должен быть а в site\administrator 2 файла .htaccess и .htpasswd .

Ошибка 500 может быть вызвана неверным .htaccess.возьми чистый из дистрибутива. Читай joomlaforum.ru/index.php?topic=169641.0 и joomlaforum.ru/index.php?topic=194253.0. Если есть подозрения на вирусы проскань сайт вот этим например https://yandex.ru/promo/manul#about .