Проблема действительно была в разделителях. Но, побарахтавшись с subtree, я в конце концов предпочёл submodule как более прозрачный (на мой взгляд) механизм. Сейчас заканчиваю работу над циклом статей на хабру по теме. С дня на день опубликую - и добавлю тут ссылки на разделы в статьях.
