подключал OwnCloud к AD по этой инструкции, вроде все пользователи появлялись сразу, но настраивал еще группу безопасности в AD, только из которой загружались пользователи в OwnCloud.
tim4dev.com/2014/11/owncloud-active-directory
И сам фильтр настраивал по этой
https://doc.owncloud.org/server/9.0/admin_manual/c... (поищите про User Filter)
В фильтре настраивается, какие пользователи будут видны в OwnCloud. Возможно без фильтра все пользователи есть, но они скрытые.
