Главное, не сделайте очередное поделие, которое будет замусоривать /etc || /tmp дистрибутива А в разы сильнее, чем Б.
./configure --prefix=/opt/myapp должно автоматически означать, что конфиги в /opt/myapp/etc/, логи в /opt/myapp/log/, без указания этих путей в конфиге (путь к которому указывается как /opt/myapp/bin/myapp -f /opt/myapp/etc/my.cfg).