Unity очень медленный. Если у вас работа с контейнером идет постоянно(получить синглтон, построить новый объект и т.д.) вы получить серьезную просадку по производительности. Так что бы я рекомендовал Ninject если нужны всякие доп.фичи или Autofac если важна скорость работы.
