Возможно я запоздал с ответом, но вдруг кому нибудь пригодится. Никаких изменений кодов выгрузки делать не надо. В 1С есть встроенный инструмент (свой модуль обмена), который позволяет построить дерево разделов такое как надо на сайте. Вы можете определить разделы и подразделы на сайте независимо от структуры в 1С, и в таком виде выгрузить на сайт. Называется "Настройка дерева групп", в дереве могут быть и разделы и подразделы и товары в любом количестве, и товары в любом количестве разделов. Подробнее тут
https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/?COURSE_I...