Илья

А вы добавьте [MemoryDiagnoser] к вашему бенчмарку, сразу станет понятно.
Linq аллоцирует память за счет использования итераторов внутри.
А то что у вас в "ручном" методе, скорее всего, преобразуется компилятором в for с доступом по индексу и аллокаций там не будет.

ToArrayAsync выполняет запрос асинхронно и не блокирует поток

Это верно.

AsEnumerable вроде тоже выполняется не сразу (будут ли блокировки при использовании)

Вам вернется IEnumerable. Запрос выполнится при получении первого члена перечисления с блокировкой потока. Для многопоточного серверного приложения используйте ToArrayAsync, ToListAsync, ToDictionaryAsync.
AsEnumerable обычно не используется.

IsDublicated все время возвращает false потому что написана неверно. Вы инициализируете флаг потом возвращаете его без изменений.
Попробуйте так

public async Task<bool> IsDublicated(string label)
{
     var existedProduct = await _context.Set<Product>()
                .FirstOrDefaultAsync(property => property.Label.ToLower() == label.ToLower());
     return existedProduct != null;
}

И в функции AddAsync у вас неверное условие. Должно быть:

if (await _unitOfWork.ProductRepository.IsDublicated(product.Label))
{
     throw new DataDublication("Label already exists.");
}

Это можно слелать через LINQ, но вложенные циклы для этой задачи будут нагляднее и проще.