Кнопка «Изменить настройки прокси-сервера» в Хроме открывает стандартные настройки прокси для IE и Windows.
А не установлено никаких других программуль типа Proxycap, которые могут перенаправлять прокси на хром?
Такие часто используются для онлайн-игр, в которых нет собственной настройки прокси.
Эти программы (не знаю как правильно сказать) как бы обманывают использующее интернет приложение, заставляя думать что в нем прокси уже настроено.