Есть скритпы которые основываясь на данных машины присваивают ему определённый индентификатор. Для формирования такого ID берётся вся возможная информация вплоть до установленных шрифтов и размера экрана (именно поэтому тор предлагает изменять размер окна браузера).
И так, вы зашли со своей машины не через тор, яндекс получил ваш ID и IP адрес.
Потом вы зашли через тор, яндекс получил ваш ID, и по нему нашел ваш IP в своей базе и другие данные.
-----------------
В открытом доступе есть довольно надежная библиотека для индентификации пользователя, конечно не на все 100% определяет. Так же я уверен в том что у яндекса есть инструменты покруче, и как показывает ваш случай, этот инструмент хорошо работает.
