Для изменения имени компьютера винде вроде обязательно нужна перезагрузка.
Как вариант делать в два прохода: сначала изменить имя с перезагрузкой, потом ввести в домен.
Можно еще писать сам скрипт с параметрами в RunOnce - тогда после перезагрузки не нужно еще раз вручную запускать скрипт.