В Git есть механизм submodules.
https://git-scm.com/book/en/v2/Git-Tools-Submodules
Так что можно попробовать организовать иерархическую структу. Но в самом гитхабе все репозитории все равно будут лежать на одном уровне.
Но насколько я слышал, в нем наблюдаются проблемы )))