Необходимость в панели управления зависит от того:
1. Нужна ли сама панель.
2. Нужен ли весь софт, что она вместе с собой устанавливает.
3. Нет ли на сервере нехватки ресурсов, если это и так шарманка с 512 м.б. памяти, панель со всем софтом там будет не в тему.
При установке весты и дефолтных конфигах, файлы в любом случае будут раздаваться nginx, при создании web домена эта опция включена по умолчанию.
В настройках можно и вовсе выключить apache для конретного домена.