Подозреваю фокус потерять надо - я часто рабочие файлы редактирую в шелле (или вообще заново создаю - к примеру выборка лога). Так спокойно атом подцепляет файлы. Раньше с большими файлами косяки были - в новой версии не пробовал, но обещают существенно быстрее