Посредник берёт на себя борьбу с фродом (обнал ворованных денег). Вам придётся делать это самостоятельно и скорее всего болезненно. Если у вас низкая вероятность по фроду и оборот от 3-5 мил. руб. договориться о комиссии меньше двух процентов не проблема.
Если вам ещё нее дают низкую комиссию то это скорее всего говорит о том, что прямой приём платежей вы не отобьёте и избавляться от агрегаторов ещё рано.