Как чисто "наколенный" вариант, использовать:
EC2 инстанс с запускаемым софтом:
1. Монтирование S3 (source, target) в качестве папки:
goofys или
s3fs.
2. В качестве резервирующего ПО:
Bup для дедупликации. Умеет подобно Git...
На входе папка исходного бакета, а на выходе - целевая.
Сам не пробовал. Просто как идея.
